Etude in-silico de l’inhibition de la Xanthine oxydase

LARIBI, Ahlam; RABAHI, Karima

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Titre:	Etude in-silico de l’inhibition de la Xanthine oxydase
Auteur(s):	LARIBI, Ahlam RABAHI, Karima
Mots-clés:	Goutte, xanthine oxydase, criblage virtuel, AutoDock Vina, Energie d’interaction.
Date de publication:	1-jui-2017
Editeur:	Université de Bouira
Référence bibliographique:	Université de Bouira
Résumé:	Notre travail, qui entre dans le cadre du mémoire de master, s’inscrit dans le courant de la recherche de nouveaux inhibiteurs de la Xanthine Oxydase; cible thérapeutique validée pour le traitement de la maladie de la goutte. Pour ce faire, nous avons fait appel aux approches par criblage virtuel «in silico» avec AutoDock vina. En effet,une collection de 64 molécules issues de la Zinc DATABASE a été testée envers le site actif de XO. A l’issu de ce criblage, le composé A38 (zinc_85664752) 3-Methylellagic acid 2-(4-galactosylglucoside) avec la plus faible valeur de leur énergied’interaction soit -9,8 Kcal/mol, se présent comme nouveau inhibiteur théoriquement plus sélectif et affin envers XO.
Description:	TABLE DES MATIEES LISTE DES ABREVIATIONS LISTE DES FIGURES LISTE DES TABLEAUX INTRODUCTION .......................................................................................................... 1 PARTIE THEORIQUE CHAPITRE I : LA GOUTTE ET LA XANTHINE OXYDASE I. La goutte I.1. Définition de la goutte .............................................................................................. 2 I.2. Etude épidémiologique ............................................................................................. 2 I.3. Les causes de la goutte ............................................................................................. 2 I.3.1. Facteur génétique ............................................................................................ 2 I.3.2. Hyperuricémie ................................................................................................. 2 I.3.3. Alimentation .................................................................................................... 3 I.3.4. Médicaments ................................................................................................... 4 I.3.5. Autres facteurs ......................................................................................... 4 I.4. Les symptômes ......................................................................................................... 4 I.4.1. L’accès goutteux ou “la crise de goutte ” typique ........................................... 4 I.4.2. La goutte tophacée chronique ......................................................................... 5 I.5. Le diagnostic ............................................................................................................ 6 I.5.1. Apport de l’imagerie ....................................................................................... 6 I.5.1.1. Radiologie conventionnelle .............................................................. 6 I.5.1.2. L’échographie................................................................................... 6 I.5.1.3. L’Imagerie par Résonance Magnétique ........................................... 7 I.6. Le traitement de la goutte ......................................................................................... 8 I.6.1. Traitement de la crise aigüe ............................................................................ 8 I.6.1.1. Anti-inflammatoire non stéroïdienne ............................................... 8 I.6.1.2. Colchicine ........................................................................................ 8 a. Effets Secondaires...............................................................................8 I.6.2. Traitements Hypouricémiants ......................................................................... 9 I.6.2.1. Allopurinol ....................................................................................... 9 a. Effets secondaires ............................................................................... 9 II. La xanthine oxydase II.1. Définition de l’enzyme xanthine oxydase............................................................. 11 II.2. Structure de la Xanthine Oxydase ........................................................................ 12 II.3. Distribution et localisation de la Xanthine Oxydase ............................................ 13 II.3. Mode d’action de Xanthine Oxydase ................................................................... 13 CHAPITRE II : DOCKING MOLECULAIRE I. La bioinformatique .................................................................................................. 15 I.1. Criblage virtuel « Virtual Screening » ................................................................... 15 I.2. Etude in silico ......................................................................................................... 16 I.3. Docking moléculaire .............................................................................................. 16 PARTIE PRATIQUE CHAPITRE III : MATERIEL ET METHODES I. Matériel ..................................................................................................................... 18 I.1. Hardwares......................................................................................................... 18 I.2. Softwares .......................................................................................................... 18 I.2.1. Les bases de données......................................................................... 18 I.2.1.1. Protein Data Bank .................................................................... 18 I.2.1.2. Zinc DATABASE ................................................................... 19 I.2.2. Programmes ....................................................................................... 20 I.2.2.1. Pymol ....................................................................................... 20 I.2.2.2. Openbabel ................................................................................ 21 I.2.2.3. AutoDock ................................................................................. 22 I.3. Le récepteur ..................................................................................................... 22 I.4. Les ligands ....................................................................................................... 23 II. Méthodes ............................................................................................................... 29 II.1. Préparation du récepteur ................................................................................. 29 II.2. Préparation des ligands ................................................................................... 29 II.3. Criblage virtuel avec AutoDock vina ............................................................. 29 II.4. Analyse des résultats ....................................................................................... 30 CHAPITRE IV : RESULTATS ET DISCUSSIONS I. Résultats ................................................................................................................. 32 I.1. Etude des interactions entre les inhibiteurs et la Xanthine Oxydase ............... 32 I.2. Analyse visuelle ............................................................................................... 34 I.3. Les cinq meilleurs inhibiteurs sélectionnés ...................................................... 37 I.3.1. Interactions entre le composé A38 et le site actif.............................. 37 I.3.2. Interactions entre le composé A61 et le site actif.............................. 38 I.3.3. Interactions entre le composé A49 et le site actif.............................. 39 I.3.4. Interactions entre le composé A51 et le site actif.............................. 39 I.3.5. Interactions entre le composé A52 et le site actif.............................. 40 II. Discussions ............................................................................................................... 41 CONCLUSION ............................................................................................................... 42 REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES .......................................................................... 43 ANNEXES
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Collection(s) :	Mémoires Master

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